帝国大学設立期から、関西にも大学設置を望む声があった。
1890年（明治23年）になると、第1次山縣有朋内閣の芳川顕正文相（徳島藩出身）が教育勅語発布に尽力する一方、大学令案を閣議に提出して、地方大学の設立および高等中学校の拡張を主張した。
同1890年7月1日には第1回衆議院議員総選挙が実施され、11月25日には第1帝国議会が召集される。翌1891年2月20日に、長谷川泰衆議院議員（日本医科大学の前身である済生学舎を1876年設立）が帝国大学新設案を議会に提示し、1892年の第4帝国議会にも「関西ニ帝国大学ヲ新設スル建議案」を提出したが、設立には至らなかった。
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日清戦争（1894年7月?1895年4月）による好景気、および、下関条約によって清から賠償金を得たことにより、第2次伊藤博文内閣の西園寺公望文相が「清国賠償金ノ一部ヲ東京及京都ノ帝国大学基本金トシテ交付セラレンコトヲ請フノ議」を、首相宛に執筆し、京都帝国大学の設置を主張した。これを受け、翌1896年の第9帝国議会にて、京都帝国大学創立費および京都帝国大学医科大学創立費の予算案が可決された。翌1897年（明治30年）、第三高等学校の一部の施設を利用して、京都帝国大学が設立（第三高等学校は移転した）。これにより「帝国大学」は「東京帝国大学」と改称した。